macOS native 環境での準備方法

本セクションでは、Lin4Neuro を使わずに、macOS native 環境でのセットアップ方法を記載します。Apple Silicon でも対応可能です。ただし、この方法でのセットアップのサポートは限られることをご了承ください(個人個人で環境がかなり異なるためです)。

前提条件

CPUは Intel でも Apple Silicon でも問いません
ターミナルはデフォルトの zsh を使用することとします

インストールが必要なソフトウェア

git
MRIcroGL
XQuartz
FSL
MRtrix3
ANTs
Matlab
SPM

git

インストール

Command line tools for Xcode のインストールにより git を使うことが可能となります

xcode-select --install

確認

ターミナルから以下をタイプしていただき、バージョンが出力されれば大丈夫です

git --version

MRIcroGL

インストール

MRIcroGL は以下のリンクからインストーラーを入手できます
https://github.com/rordenlab/MRIcroGL/releases/download/v1.2.20220720/MRIcroGL_macOS.dmg
インストール後、以下のコマンドを実行し、.zprofileに設定を書き込みます。bashの方は.bash_profileに置き換えてください

echo '' >> ~/.zprofile
echo '#MRIcroGL' >> ~/.zprofile
echo 'PATH=$PATH:/Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources' >> ~/.zprofile

確認

一度ターミナルを終了し、ターミナルを再度起動した後に、以下をタイプしてください

dcm2niix --version

この結果が、v1.0.20220720 と表示されれば大丈夫です

XQuartz

XQuartz は FSL の実行のために必要です

インストール

以下からインストーラーを入手し、実行します
https://github.com/XQuartz/XQuartz/releases/download/XQuartz-2.8.1/XQuartz-2.8.1.dmg

確認

FSLが実行されればXQuartzもきちんとインストールされるのでここでは確認しません

FSL (SPMコースでは不要です)

事前準備

FSLはインストーラーがpython3に対応しましたが、そのためにxcode-selectをインストールする必要があります。上でgitのインストールをしている場合は既に入っています。まだの方は、gitのところをご確認ください

インストール

以下をターミナルから実行し、fslinstaller.pyを入手し、実行します

cd ~/Downloads
curl -O https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py
cd ~/Downloads
/usr/bin/python3 ./fslinstaller.py 

インストール完了後、FSLの設定は .profile に記載されるのですが、zshではうまく読み込まれないことがあるので、.zprofileにも記載します
ターミナルから以下を実行します

echo '' >> ~/.zprofile
echo '# FSL Setup' >> ~/.zprofile
echo 'FSLDIR=/usr/local/fsl' >> ~/.zprofile
echo 'PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}' >> ~/.zprofile
echo 'export FSLDIR PATH' >> ~/.zprofile
echo '. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh' >> ~/.zprofile

これが終わったら一度ターミナルを終了し、再びターミナルを起動します

確認

ターミナルから以下をタイプします
```
fsl
```

これでFSLが立ち上がればOKです

MRtrix3 (SPMコースでは不要です)

インストール

ターミナルから以下を実行します

sudo bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/MRtrix3/macos-installer/master/install)"

確認

ターミナルから以下を実行します

mrview

MRViewが起動すれば大丈夫です

ANTs (SPMコースでは不要です)

インストール

ターミナルから以下を実行します

ANTsのインストール

ターミナルに以下をコピペします

intel macの場合

  cd ~/Downloads
  curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/ANTS_maci64.zip
  unzip ANTS_maci64.zip -d ~/
  grep '$HOME/ANTS/install/bin' ~/.zprofile > /dev/null
  if [ $? -eq 1 ]; then
    echo "" >> ~/.zprofile
    echo "#ANTs" >> ~/.zprofile
    echo 'export ANTSPATH=$HOME/ANTS/install/bin' >> ~/.zprofile
    echo 'export PATH=$PATH:$ANTSPATH' >> ~/.zprofile
  fi

Apple Siliconの場合

  cd ~/Downloads
  curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/ANTS_arm64.zip
  unzip ANTS_arm64.zip -d ~/
  grep '$HOME/ANTS/install/bin' ~/.zprofile > /dev/null
  if [ $? -eq 1 ]; then
    echo "" >> ~/.zprofile
    echo "#ANTs" >> ~/.zprofile
    echo 'export ANTSPATH=$HOME/ANTS/install/bin' >> ~/.zprofile
    echo 'export PATH=$PATH:$ANTSPATH' >> ~/.zprofile
  fi

確認

“ANTs is installed” “Please close and re-run the terminal to reflect PATH setting” と出たら、ターミナルを一度閉じて、再度ターミナルを開きます
ターミナルから以下を実行します

ANTS

“call ANTS or ANTS –help” と出れば大丈夫です

SPM12: Matlab をお持ちの場合

SPM12 はMatlabを持っているか持っていないかでインストールの方法が変わります。Matlab をお持ちでない方は、次の “SPM12: Matlab をお持ちでない場合” に従ってセットアップをしてください
Matlab R2023b 以降、Apple siliconにnative対応しましたが、ときにバグがあるようです。Matlab R2022b の環境で構築しています。

SPM12のインストール

GitHub経由が便利です

ホームディレクトリの下に spm12 をインストールすることとします

  cd #ホームディレクトリに移動します
  git clone https://github.com/spm/spm12.git

SPMはmacOSのセキュリティで実行できないことがあるため、この問題を回避するために、ターミナルから以下を実行します
```
  sudo xattr -r -d com.apple.quarantine ~/spm12
  sudo find ~/spm12 -name '*.mexmaci64' -exec spctl --add {} \;
```
この後、Matlabのパス設定で、/Users/ご自分のユーザ名/spm12 を指定してください

SPM12の確認

Matlab から
```
  spm
```

とタイプし、SPMが起動すればOKです

SPM12: Matlab をお持ちでない場合

コース用に SPM12 を Matlab がなくても動作するようにスタンドアロン版を作成しました。Intel macでもApple siliconでも動作します。以下に従ってセットアップを行ってください

Matlab Runtime R2022b の入手

ターミナルに以下を入力し、Matlab Runtime R2022b を入手します。Intel Mac, Apple Silicon ともに共通です。

  cd ~/Downloads
  curl -O https://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2022b/Release/7/deployment_files/installer/complete/maci64/MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip
  unzip MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip

ダウンロードフォルダにある MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg をダブルクリックします
InstallForMacOSX をダブルクリックします。インストール先はデフォルトのまま変更しないでください

SPM12 standalone のインストール

以下で SPM12 standalone を入手し、/Applications の下にインストールします。

  cd ~/Downloads
  curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/spm12_maci64.zip
  unzip spm12_maci64.zip -d /Applications/
  echo "" >> ~/.zprofile
  echo "# Alias for SPM12" >> ~/.zprofile
  echo "alias spm='/Applications/spm12_standalone/run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/R2022b'" >> ~/.zprofile

一度ターミナルを閉じます。

SPM12 standalone の確認

GUIとコマンドラインのどちらからも起動できます
GUI の場合は、アプリケーションの中にある spm12_standalone の中の spm をダブルクリックしてください
コマンドラインの場合は、ターミナルを起動した後、spm と入力すればSPMが起動します。ただ、初回は起動するまでに数分時間がかかるため、焦らずにお待ちください
```
  spm
```

とタイプし、SPMが起動すればOKです

macOS native 環境での 準備方法

前提条件

インストールが必要なソフトウェア

git

インストール

確認

MRIcroGL

インストール

確認

XQuartz

インストール

確認

FSL (SPMコースでは不要です)

事前準備

インストール

確認

MRtrix3 (SPMコースでは不要です)

インストール

確認

ANTs (SPMコースでは不要です)

インストール

ANTsのインストール

確認

SPM12: Matlab をお持ちの場合

SPM12のインストール

SPM12の確認

SPM12: Matlab をお持ちでない場合

Matlab Runtime R2022b の入手

SPM12 standalone のインストール

SPM12 standalone の確認

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