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第32回生理科学実験技術トレーニングコース

SPMを用いたヒト脳のfMRIデータ解析入門

2021年8月3-6日に生理学研究所でWeb開催する 『第32回生理科学実験技術トレーニングコース・SPMを用いたヒト脳のfMRIデータ解析入門』 の参加者を対象とした情報提供サイトです。随時、情報を追加していきますので、このサイトへ定期的にアクセスするようにして下さい。

新着情報

スタッフ(運営、講師、チューター)

開催案内

当日のタイムテーブル

日程 内容  
8月3日    
08:30 Zoomオープン  
09:00-09:20 コース概要など説明(小池)  
09:20-10:20 講義:機能的磁気共鳴現象画像法概論(福永)  
10:20-10:40 SPM概要説明(河内山)  
10:40-11:00 講義:実験課題の説明(Pham)  
11:00-12:00 講義・実習:Preprocessing(土元・吉岡)  
12:00-13:00 – 昼休み –  
13:00-16:15 講義・実習:Preprocessing(土元・吉岡)  
16:15-17:00 講義・実習:GUIを用いたバッチ作成(郷田)  
17:00-17:30 質疑応答  
8月4日    
08:30 Zoomオープン  
09:00-11:00 講義:統計検定1(河内山)  
11:00-12:00 実習:個人解析(吉岡)  
12:00-13:00 – 昼休み –  
13:00-14:00 講義:統計検定2(河内山)  
14:00-15:30 実習:個人解析と結果の表示(吉岡)  
15:30-17:00 講義・実習:表の読み方と図の作り方(小池)  
17:00-17:30 質疑応答  
8月5日    
08:30 Zoomオープン  
09:00-10:00 講義:グループ解析(河内山)  
10:00-11:00 実習:グループ解析(吉岡)  
11:00-12:00 fMRIの課題設計(小池)  
12:00-13:00 – 昼休み –  
13:00-13:30 fMRIの課題設計(小池)  
13:30-15:00 講義:応用的な手法について(Double dipping,MVPAなど)(近添)  
15:00-16:00 実習:応用的な手法について(Double dipping,MVPAなど)(近添)  
16:00-17:00 講義:応用的な手法について(Preprocessing)(山本)  
17:00-17:30 質疑応答  
8月6日    
08:30 Zoomオープン  
09:00-11:00 質疑応答  
11:00-12:00 特別講義「fMRIで探る主観的時間の神経基盤」(CiNet・林正道先生)  
12:00-13:00 質疑応答・個別質問など  
     

パソコンの準備について

- OS: Windows10 64bit版 または macOS 10.12.6(Sierra)〜 10.15(Catalina) - CPU: Intel Core i7/i9、Intel Core i5(クロック周波数2.0GHz以上)、または AMD Ryzen 5以上の性能を有するもの - メモリ:8GB以上 (可能ならば16GB以上を推奨します) - ハードディスク:100GB以上の空き容量 (外付けハードディスクも可) - 2ボタン以上のUSBマウス (必須ではありませんが、持っていると便利です) - 2画面のディスプレイ (自身の作業用とZoomの画面をうつすために2画面を推奨します。2画面が準備できない方は、Zoomの画面をうつすためだけのPCやタブレットの準備をお奨めします)

Zoomの設定

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お願い


事前準備

A. トレーニングコース用Lin4Neuro仮想アプライアンスのダウンロード (所要時間約2-3時間)

B. VirtualBox 6.1.16以降 のインストール (所要時間約10分)

トレーニングコースでは、VirtualBox 6.1.16以降の上で Lin4Neuro を動作させます。Lin4Neuro は、VirtualBox 6.1.16以降で最適化されているため、前のバージョンのVirtualBoxを使用の方は必ず最新版(6.1.24)にアップグレードしてください。特にmacOSは、6.1.16以前では仮想マシンが立ち上がらない不具合がありますのでご注意ください

C. Lin4Neuro仮想アプライアンスのインポート (所要時間約15分)

D. 仮想マシンの設定 (所要時間約5分)

1. 共有フォルダの設定

2. メモリとCPUの設定

E. Lin4Neuroの起動と設定 (所要時間約10分)

1. キーボード設定の確認

2. 画面のフォント設定

3. ドラッグ&ドロップの無効化 (Windowsのみ)

4. 共有フォルダの確認

5. 画像解析ツールの確認

6. SPMの確認

脳画像解析のメニューリストにSPM12のアイコンがありますが、今回は使用しません。以下で確認します

F. トレーニングコーステキストの入手 (所要時間約3分)

  1. 初めてセットアップする時: ターミナル (Lin4Neuro では、左下のスタートアイコンの隣にあるアイコンから起動できます) から以下を実行して下さい

     cd /media/sf_share
     メールで示されているコマンドをここにタイプします
     (セキュリティの都合でここには記しません)
    
  2. 更新する時: ターミナルから以下を実行してください

     cd /media/sf_share/nips-2021TC
     git pull
    

プロキシサーバーなどを使っている場合

G. データの入手 (所要時間約10分)

H. 確認のためのバッチスクリプトを実行 (所要時間約5分)

Lin4Neuroの終了

ログイン画面の修正

Lin4Neuro への Google chrome のインストール (所要時間5分)

問い合わせ

トラブルシューティング


参考. 仮想マシンの削除 (トレーニングコース後、不要になった場合)

  1. 仮想マシンを削除するには、VirtualBoxのメイン画面で、削除したい仮想マシンを選び、右クリックをして、除去(R)… を選択します

    仮想マシンの削除1

  2. 次にあらわれる画面で、すべてのファイルを削除 を選択します

    仮想マシンの削除2